Cerita bermula ketika Conan, Ran Mori, Kogoro Mori, Profesor Agasa, dan geng Detective Boys diundang oleh Sonoko Suzuki untuk bertamasya melihat ikan paus secara langsung di Hachijo-jima. Selain sebagai pulau wisata, Hachijo-jima ternyata juga menjadi lokasi berdirinya fasilitas keamanan Pacific Buoy.
Pacific Buoy adalah sebuah fasilitas keamanan bawah laut yang didirikan oleh badan Kepolisian Internasional atau Interpol. Di fasilitas tersebut terdapat sebuah sistem keamanan canggih berupa sebuah jaringan yang menghubungkan semua kamera pengawas seluruh dunia untuk melacak orang hilang maupun buronan dengan lebih mudah.
Tidak sampai di situ, sistem keamanan Pacific Buoy juga dilengkapi oleh teknologi All-Age Recognition yang mampu menghasilkan rekonstruksi wajah seseorang di usia yang berbeda-beda dengan bantuan teknologi kecerdasan buatan atau AI.
Dikepalai oleh Yosuke Makino, sistem tersebut dioperasikan oleh para teknisi dari berbagai negara antara lain Ed dari India, Grace dari Prancis, Leonhardt dari Jerman, dan Naomi Argento dari Amerika Serikat.
Mendengar kabar mengenai pergerakan kelompok penjahat Black Organization dari rekannya bernama Subaru Okiya, Conan pergi ke Pacific Buoy untuk menyelidiki kabar tersebut. Tanpa disadari oleh Interpol, Black Organization mengincar teknologi All-Age Recognition yang ada pada Pacific Buoy.
Upaya merebut All-Age Recognition dimulai dengan meretas jaringan kamera pengawas Pacific Buoy dari dalam sistem dengan memanfaatkan seorang agen yang disusupkan ke fasilitas tersebut.
Setelah itu Black Organization mengutus agen lainnya menginfiltrasi Pacific Buoy untuk menculik seorang teknisi bernama Naomi Argento dan membawanya ke sebuah kapal selam. Di malam yang sama, teman Conan bernama Ai Haibara juga diculik karena mereka menyadari bahwa Ai merupakan sosok Shiho Miyano, mantan ilmuwan Black Organization yang tubuhnya menyusut menjadi anak kecil.
Oleh karena itu, Conan harus menghadapi Black Organization yang telah menculik Naomi dan Ai serta berusaha mencari tahu dalang di balik peretasan sistem keamanan Pacific Buoy.
Layaknya alur khas dalam serial "Detective Conan", film "Detective Conan: Black Iron Submarine" menyuguhkan sebuah kasus dengan segudang misteri dan petunjuk yang akan mengarah menuju konklusi dari kasus tersebut.
Sepanjang alur film, penonton akan serasa ikut menyelidiki kasus peretasan Pacific Buoy serta penculikan Naomi dan Ai. Dengan sebuah misteri besar yang muncul di awal cerita, berbagai petunjuk satu per satu muncul seiring dengan perkembangan cerita.
Meskipun terdapat beberapa penjelasan panjang dari sebuah petunjuk tertentu, tetapi hal tersebut tidak membuat penonton menjadi bingung dengan alur penyelidikan kasusnya.
Berita ini telah tayang di Antaranews.com dengan judul: Investigasi serangan siber di "Detective Conan: Black Iron Submarine"
